В соответствии с Указом Президента РФ от 20.04.1993 № 468 «О неотложных мерах по обеспечению здоровья населения Российской Федерации», постановлениями Правительства РФ от 03.05.1994 № 420 «О защите жизни и здоровья населения РФ при возникновении и ликвидации последствий ЧС, вызванных стихийными бедствиями, авариями и катастрофами», от 28.02.1996 № 195 «Вопросы Всероссийской службы медицины катастроф» в России была создана Всероссийская служба медицины катастроф. Всероссийская служба медицины катастроф функционирует на 5 уровнях: федеральном, региональном, территориальном, местном и объектовом. Головное учреждение Службы медицины катастроф — Всероссийский центр медицины катастроф «Защита» Министерства здравоохранения РФ.

Территориальный центр медицины катастроф Ленинградской области создан в соответствии с распоряжением Правительства Ленинградской области от 19 апреля 2010 года № 186-р «О создании Государственного бюджетного учреждения здравоохранения Ленинградской области «Территориальный центр медицины катастроф». Территориальный центр медицины катастроф Ленинградской области — государственное учреждение здравоохранения особого типа.
С 2010 по 2012 год ТЦМК возглавлял Байлюк Николай Иванович.

С 2012 по 2014 год ТЦМК возглавлял Шуваев Валерий Федорович.

С 2014 по 2016 год ТЦМК возглавлял Гуляев Святослав Александрович.

С 2016 по 2018 год возглавлял Сурмиевич Павел Евгеньевич.

С 2018 года по настоящее время руководит центром Сбруева Анна Валерьевна.

В 2014 году организационно — штатная структура центра была представлена следующими отделами: администрация центра, оперативно-диспетчерский отдел, организационно-методический отдел. В 2015 году в составе Центра создан отдел информатизации и отдел телемедицинских консультаций. В 2019 году отдел информатизации преобразован в отдел информационно-коммуникационных систем.

Для повышения оперативной готовности и профессиональных навыков, сотрудники Центра принимают участия в учениях регионального уровня, тренировках с ГУ МЧС России по Ленинградской области, ГУ МВД России по г. Санкт-Петербургу и Ленинградской области. За последние 3 года проведено более 20 командно -штабных учений и командно-штабных тренировок со службой медицины катастроф Ленинградской области. Учения и тренировки позволяют отработать взаимодействие служб, участвующих в ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций и усовершенствовать навыки оказания помощи пострадавшим.